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《北京大學學報》以馬列主義、毛澤東思想、鄧小平理論和”三個代表”重要思想為指導，堅持人文社會科學的正確導向，貫徹雙百方針，走理論聯系實際、學術結合時代之路，追蹤社會思潮、理論前沿和學術熱點；依托北大豐厚的人文社會科學資源，把創世界一流大學的品牌意識和辦刊的精品意識結合起來，把優良的學術傳統和現代辦刊理念結合起來，今天的北大學報既要發揚《北京大學月刊》、《國學季刊》探求學術的求實和嚴謹學風，又要發揚《新青年》感應時代風云的敏銳和創新精神，使之同北大歷史上的學術名刊一脈相承。所以，把北大學報辦成名刊，既是弘揚北大優良學術傳統的需要，也是創建世界一流大學的歷史邏輯之必然。
2003年12月，本刊首批入選”教育部高校哲學社會科學名刊工程”，使北大學報進入一個新的發展階段。
教育部啟動高校哲學社會科學名刊工程，是為了貫徹”三個代表”重要思想和十六大精神、落實”高校哲學社會科學繁榮計劃”的一個重要組成部分，是國家重點支持的、為進一步加強高校哲學社會科學研究、展示高校哲學社會科學研究成果的一個重大工程。本刊要不折不扣地按照《教育部高校哲學社會科學名刊工程實施方案》的標準和要求，虛心學習兄弟學報和社會上的學術理論刊物的好經驗，堅持以改革為動力，以質量求生存，以特色謀發展，增強活力，壯大實力，擴大影響力，經過三五年的努力，把北大學報建成和北大學術地位相稱的名副其實的哲學社會科學名刊。
概括為一句話：創世界一流大學，辦中國社科名刊！
本刊近年來獲得下列主要榮譽：
1． 1999年獲首屆國家期刊獎。近千家高校社科學報中只有本刊和山東大學《文史哲》兩家刊物獲此獎項。
2． 2002年獲第二屆國家期刊獎。近千家高校社科學報中只有本刊和中國人民大學學報兩家獲此獎項。能夠蟬聯第一、第二屆國家期刊獎，近千家高校社科學報中只有本刊一家。
3． 2001年入選中宣部和國家新聞出版總署評定的”中國期刊方陣”最高層次”雙高”期刊（高知名度、高學術水平）。進入”中國期刊方陣”共分四個層次，進入最高層次的在近千家高校社科學報中只有本刊一家。
4．1995年，新聞出版總署舉辦首屆全國社科期刊評獎，獲優秀學術理論期刊獎。全國林林總總的學術理論刊物中只有七家獲此獎項，高校社科學報中只有中國人民大學學報和北大學報兩家獲此獎項。
5．1997年和1999年連續被國家新聞出版總署評為第一屆、第二屆全國百種重點社科期刊。
6．1998年北大學報發表的黃楠森《必須堅持辯證唯物主義》一文于1999年獲中宣部”五個一工程”論文獎。
南京大學中文社會科學評價中心公布的中文社科學術期刊影響因子（CSSCI）統計，1998–2002年社科綜合類學報平均影響因子排序，我校學報排第1名。
清華大學中國學術期刊（光盤版）電子雜志社統計的綜合性大學社科學報文獻計量指標，2002年論文下載量排序，北大學報也是居第1名。
北京大學圖書館研制的《中文核心期刊要目總覽》1992、1996、2000、2004四版均收錄北大學報為核心期刊。 中國社會科學院文獻信息中心研制的《中國人文社會科學核心期刊要覽》亦收錄北大學報為核心期刊。本刊以入選”教育部高校哲學社會科學名刊”為契機，著重落實如下六項措施，使刊物的整體學術水平再上一個新臺階。
1. 發揮優勢，強化品牌，突出特色，傳統學科和新興學科并重，基礎研究與應用研究相結合，使北京大學學報不僅是傳播知識、積累文化的載體，更是理論創新、精神創造的搖籃，在某些學科領域引領全國高校的學術研究方向，逐步成為能夠代表中國哲學社會科學總體研究水平的一流學術刊物，進一步提高在國內和國際的知名度和權威性。
2. 貫徹雙百方針，弘揚北京大學海納百川、兼容并包的學術傳統，著力辦好”學術爭鳴”欄目，鼓勵不同學術觀點、學術流派、研究方法的爭鳴和切磋，多刊發有理論鋒芒的文章，在爭鳴和探討中發展學術理論，擴大刊物影響。
3. 全面提高辦刊的學術質量，多發在研究解決國家或地區經濟、社會發展中具有全局性、前瞻性、戰略性的重要研究成果，同時又要發揮北大文史優勢的傳統，辦好”哲學研究”、”文史新證”、”中外文化交流”等特色欄目，多發具有原創性和創新性的重大研究成果。
4. 適應建設在國內國際有重大影響的學術名刊的需要，逐步放開選稿、用稿范圍，面向全國，面向世界；實行雙向匿名審稿制度，以質論稿，擇優錄用，對校內作者稿件和校外作者稿件采用同一把尺子衡量。
5. 堅持舉辦”北京大學學報優秀論文獎”，吸引優質稿件，建立較為穩定的優秀作者隊伍。編輯部努力爭取社會支持，募集到100萬元人民幣作為優秀論文的獎勵基金，從1990年開始就舉辦優秀論文評獎，到目前為止已連續成功舉辦了六屆優秀論文評獎，在校內外產生了強烈反響。
6.積極主動向有深厚學術造詣的著名學者和中青年骨干教師組稿、約稿。定期召開有關專家學者的座談會、研討會，調查研究，集中他們意見和智慧，制訂本年度反映學術前沿、符合學術發展趨勢的組稿計劃和選題策劃，并約請有關專家學者主持和承擔。