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《故宮博物院院刊》創刊于1958年，開始為不定期刊物，繼創刊號后，1960年出版了第2期，后即因“文化大革命”停刊。
1979年，《故宮博物院院刊》復刊。自復刊始至1999年為季刊。2000年始至今為雙月刊。
《故宮博物院院刊》創刊時附屬于故宮博物院研究室，1979年復刊后依舊。1985年故宮博物院紫禁城出版社成立后，屬期刊部。2004年劃歸科研處。
《故宮博物院院刊》是由故宮博物院主辦的學術性刊物，它反映了故宮博物院的專家學者們學術研究的成果和水平，并致力于以發表國內最高水平的宮廷歷史、文物研究成果為己任。本刊本屬于社科類刊物，但隨著近年來多學科研究的滲透和互動，也發表一部分自然科學或人文與自然科學結合的文章，主要集中于文保科技、古建筑研究。刊物試圖將故宮博物院學術研究的觸角進一步延伸，促進故宮自身學術研究的深化，加強故宮博物院的學術建設和整體進步。
《故宮博物院院刊》目前主要設有明清歷史、文物研究（含古書畫、古器物、古文字研究、佛教美術等）、古建筑、考古學研究、文保科技、博物館工作等欄目。
《故宮博物院院刊》撰稿人為故宮博物院及國內外各學科的專家學者，刊物內容豐富，資料翔實，在海內外具有廣泛的影響。本刊雖然缺少對于大規模的學術活動的組織，但論文具有一定的轉載率；2000、2004年度連續兩次被北京大學評為文物考古類中文核心期刊。
開本：《故宮博物院院刊》原為正16開96頁，2004年改版、擴版，由6個印張擴為10個印張，由彩色插頁改為全彩印刷，開本也擴為大16開。