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辦的綜合性醫藥衛生類學術期刊。該刊1959年創刊，1966停刊，1975復刊，復刊時刊名為《吉林醫科大學學報》，1978年隨學校更名改為《白求恩醫科大學學報》，由于2000年白求恩醫科大學合并到新吉林大學，2002年刊名變更為《吉林大學學報(醫學版)》。經過50年的發展，《吉林大學學報(醫學版)》現已成為在國內外享有一定學術地位和影響的科技期刊。其辦刊宗旨是遵循黨和國家的辦刊政策及法規，報道醫學科學研究的新理論、新方法和新技術，促進醫學科學的發展和國內外的學術交流。
《吉林大學學報(醫學版)》為雙月刊，全年刊發約300篇文章(不包括短篇報道)，其中省級以上基金資助項目論文占80%以上。在基金資助項目中國家重點科技攻關項目、國家863計劃項目、973計劃項目及國家自然科學基金項目占很大比例。近年逐漸增加了校外優秀論文的刊發數量。
《吉林大學學報(醫學版)》欄目設置有：基礎研究、臨床研究、臨床醫學、影像學、調查研究、技術交流、綜述、短篇及個案報道等