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《哈爾濱醫科大學學報》雜志社創刊于1951年，是由黑龍江省教育廳主管、哈爾濱醫科大學主辦、《哈爾濱醫科大學學報》編輯部承辦的醫學綜合性學術刊物。主編：楊寶峰校長。該刊的欄目設置為：論著(基礎醫學、臨床醫學、預防醫學)，經驗交流，技術與方法，綜述等。
《哈爾濱醫科大學學報》雜志社主要刊登：哈爾濱醫科大學教師、研究生、醫務人員、科研人員及海內外校友在科研、醫療和邊緣學科等領域的研究成果及綜述性文章。《學報》曾先后獲得全國高等學校自然科學學報優秀編輯質量三等獎;全國高等醫學院校學報質量二等獎;全國優秀科技期刊三等獎;全國高校自然科學學報及教育部優秀科技期刊三等獎;全國高校優秀科技期刊二等獎;黑龍江省高等學校自然科學學報優秀編輯質量一等獎;黑龍江省優秀科技期刊二等獎;《中國學術期刊(光盤版)檢索與評價數據規范》執行優秀獎。2001年成為“中國期刊方陣雙效期刊”。2004年被編入《中文核心期刊要目總覽》(第四版)。
《哈爾濱醫科大學學報》雜志社已被《中國科學引文數據庫》、《萬方數據-數字化期刊群》、《中國科技期刊精品數據庫》、《中國學術期刊(光盤版)數據庫》、《中國學術期刊綜合評價數據庫》、《中文生物醫學期刊數據庫》、《中文科技期刊數據庫》、《中國醫學文摘》(7個分冊)等收錄。
《哈爾濱醫科大學學報》雜志社主要欄目：論著(基礎醫學、臨床醫學、預防醫學)，經驗交流，技術與方法，綜述。